En 1982 le président syrien Hafez el-Assad élimine le bras armé des Frères musulmans, l'al-Talia al-Mukatila (Avant-garde Combattante) dont les militants se dispersent en Arabie saoudite, en Jordanie, au Koweït ainsi qu'en Afghanistan. Les Frères musulmans se dotent d'un bras armé clandestin en Égypte dès le début des années 80. Certains de ses membres tentent d'infiltrer les institutions gouvernementales mais le régime séculier d'Hosni Moubarak évita la plupart des manigances politiques, à l'exception notable de certains syndicats stratégiques actuelement infiltrés de toute part par les freres musulmans, par exemple le syndicat des avocats.
La répression est féroce: de 20'000 à 30'000 morts