Buxtehude doit aujourd'hui l'essentiel de sa renommée à son œuvre d'orgue, la plus considérable de l'Allemagne du nord, qui annonce celle de Jean-Sébastien Bach et surpasse celle de tous ses contemporains. Elle se caractérise en dehors des chorals, par l'aspect complexe et grandiose de l'architecture, l'invention mélodique et rythmique et la richesse du contrepoint : ces œuvres ne sont pas, comme la plupart du temps chez Bach en deux parties nettement séparées : l'une de virtuosité, la seconde de développement contrapuntique, mais une succession alternant les épisodes de ces deux types. Il y rend célèbres les «musiques du soir» (Abendmusiken), concerts où sont donnés des cycles de cantates, et d'oratorios répartis sur plusieurs dimanches, en dehors du cadre des offices. Créés par son prédécesseur, il les programme les dimanches de l'Avent. Ces concerts seront organisés jusqu'en 1810