Le périmètre du Haras fédéral étant en zone agricole, l'implantation du projet de l'ADEC a nécessité que l'affectation du site soit adaptée aux activités futures. Pour ce faire et en étroite collaboration avec la commune d'Avenches, la vocation du site a été redéfinie par le biais d'un plan partiel d'affectation (PPA). Ce PPA a été accepté par le Conseil d'Etat Vaudois le 26 juin 1997.
Les travaux de construction du site ont débuté le 8 juillet 1997 et se sont terminés en août 1999. L'inauguration de l'IENA a eu lieu le 18 septembre 1999.